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La flora de las Islas Galápagos es muy diversa, en el archipiélago se identificaron alrededor de 600 tipos de plantas, siendo 1/3 endémicas en esta región, siendo las otras nativas e introducidas en las islas. Esta flora fue llevada por los vientos, por mar, por las aves migratorias, y el hombre mismo. Todas las especies fueron sometidas a un entorno de proceso de adaptación y se han convertido en único como se ha demostrado por Charles Darwin. En las islas se pueden identificar tres principales zonas de vegetación: la zona costera, la zona árida y de la zona de transición o mojados. También podemos ver dos zonas secundarias que son: zona de Miconia y la zona de la pampa.

Zonas Principales

Zona Principal:

Zona del Litoral: la parte de la costa posee manglares rojos, con sus típicas raíces aéreas en las islas de Isabela y Santa Cruz, también podemos ver la Gloria de la Mañana abundante en la isla Santiago. Los manglares son las principales plantas de la zona costera, ya que son capaces de tolerar altos niveles de sal. El mangle rojo (Rhizophora mangle) tiene este nombre debido a su madera rojiza, lo suficiente para crecer hasta 22 metros y sus hojas crecen en pares con una hoja verde oscuro y amarillo pálido. Estos manglares se pueden ver que crecen cerca de la marea baja y en altitudes más altas mezcladas con otros manglares.

Zona Árida: caracterizada por la gran variedad de cactus espinosos y el famoso originario de la familia Cactaceae, más conocido como Cactus Opuntia (Opuntia Género), donde la planta más alta puede alcanzar hasta 12 metros y se puede ver en Puerto Ayora en la isla Santa Cruz. En total hay 6 especies en las Islas Galápagos que dan lugar a 13 variedades de cactus. La altura debe ser la protección de los depredadores tales como iguanas y tortugas gigantes, también con el fin de conseguir más sol que la vegetación alrededor, porque necesitan de suficente luz. Catus Opuntos (fuente de alimento y agua para muchos animales), el árbol de Palo Santo, Acacias y otros son de esa zona. Las zonas negras de lava se pueden encontrar cactus de lava.

Zona de transición o Húmeda: en esta zona nos encontramos con hermosos árboles margarita de Galápagos (Scalesia), las cuales son endémicas de la isla, cubiertas de musgos, líquenes y otras plantas. Aquí los árboles tienen más tiempo, también podemos ver epífitas y plantas herbáceas perennes. Entre las más conocidas son las garras del gato y acicate polla. También se puede encontrar en esta zona, las especies orquídeas, musgos y helechos. Scalesia (scalesia stewartii) es una planta endémica de Galápagos donde se pueden encontrar más de 10 especies, sin embargo, debido a la introducción de animales domésticos como cerdos y cabras, se han visto fuertemente afectadas porque eventualmente son confundidas con la vegetación y se convierten en alimentos.

Zonas Secundarias

Zona Secundaria: 

Zona de Miconia: Esta zona se encuentra localizada en las islas San Cristóbal y Santa Cruz. Tiene su nombre debido a la  presencia de miconia que requiere alta humedad. Miconia dio nombre a esta zona de vegetación, que es endémica de las Islas Galápagos, un arbusto muy atractivo que tiene hojas grandes. Las flores son a su vez de color púrpura y se encuentran en racimos ramificados de 19 centímetros de longitud, mientras que el resultado tiende a ser una baya de color púrpura oscuro. Se ha visto afectada debido a la ganadería, donde tuvieron que plantar pastos.

Zona Pampa: en esta zona la temperatura es baja y la hierba abundante, muy bueno para cultivar productos comerciales y la cría de animales. Helechos, hierbas y juncias son las únicas plantas típicas de la región donde prácticamente no tienen árboles o arbustos.

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